Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent 石蜡包埋DNA样本修复试剂

产品信息

产品描述

Hieff NGS^® FFPE DNA Repair Reagent是针对FFPE样本而设计的修复试剂，可修复低质量FFPE样本不同程度的损伤，提高文库产量及测序质量。本产品可直接用于钰博生物Hieff NGS® UltimaTM DNA Library Prep Kit for Illumina®（Cat#12199），体系兼容，无需额外的操作步骤，可修复5 ng - 1 μg Fragmented FFPE DNA。如配合其他品牌建库试剂，可修复纯化之后再行建库。此外，本产品也可直接用于钰博生物片段化酶法建库试剂盒Hieff NGS® OnePotTM II DNA Library Prep Kit for Illumina®（Cat#12204）。

产品组分

运输与保存方法

冰袋运输。

-20℃保存，有效期1年。

注意事项

1. 为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。

2. 请于使用前将试剂盒各组分置于室温解冻。解冻后上下颠倒数次充分混匀，短暂离心后置于冰上待用。

3. 配制各步骤反应液时推荐使用移液器吹打混匀或轻轻振荡，剧烈振荡可能会造成文库产出下降。

4. 为避免样品交叉污染，推荐使用带滤芯的枪头，吸取不同样品时请更换枪头。

5. 推荐在带热盖的PCR仪中进行各步骤反应，使用前应预热PCR仪至反应温度附近。

6. 注意PCR产物若操作不当极容易产生气溶胶污染，进而影响实验结果准确性。推荐将PCR反应体系配制区和PCR产物纯化检测区进行强制性的物理隔离；使用专用的移液器等设备；并定时对各实验区域进行清洁（使用0.5%次氯酸钠或10%漂白剂进行擦拭清理），以保证实验环境的洁净度。

使用方法

一、与Hieff NGS® UltimaTM DNA Library Prep Kit for Illumina®（Cat#12199）组合使用

1. 将表1中试剂解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。

2. 于冰上（4℃）配制表1所示反应体系。

表1 末端修复/dA尾添加PCR反应体系

3. 使用移液器轻轻吹打或轻柔振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。

4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表2所示反应程序，进行末端修复/dA尾添加反应。

表2 末端修复/dA尾添加PCR反应程序

【注】：配合Cat#12199试剂盒使用时，为了最佳的修复效果，末修程序的温度时间稍作调整，参考此说明书进行即可。

5. 产物可直接按照建库试剂盒说明书进行接头连接及后续操作。

二、与Hieff NGS® OnePotTM II DNA Library Prep Kit for Illumina®（Cat#12204）组合使用

1. 将表3中各试剂解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。

2. 于冰上配制表3反应体系。

表3  DNA片段化/末端修复/dA尾添加 PCR反应体系

3. 使用移液器轻轻吹打或低速振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。

4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表4所示反应程序，进行DNA片段化，末端修复及dA尾添加反应。

表4  DNA片段化/末端修复/dA尾添加 PCR反应程序

【注】：*DNA片段化过程为有效控制片段化效果，避免过度酶切，反应程序可预先设置4°C，待模块温度降至4°C时，将PCR管放入PCR仪即可。

**对于质量不一的FFPE DNA样本，酶切时间参考表5。

表5  FFPE DNA片段化时间选择表

【注】：*DIN为DNA Integrity Number，是用Agilent 2200来定义FFPE DNA降解程度的一种方法，详见图1。

图1  Agilent 2200定义不同降解程度样本的DIN值

三、与其他试剂盒配合使用（修复纯化之后再行建库）

1. 将表6中试剂解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。

2. 于冰上（4℃）配制表6所示反应体系。

表6  FFPE DNA Repair反应体系

3. 使用移液器轻轻吹打或振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。

4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表7所示反应程序，进行FFPE DNA Repair反应。

表7  FFPE DNA Repair反应程序

6. 修复产物立即加入108 μL（1.8 ×）磁珠（Hieff NGS® DNA Selection Beads，Cat#12601或AMPure XP Beads，Cat#A63880或其他等效产品）进行纯化回收。

7. 纯化产物按试剂盒操作说明进行建库。